种子是重要的资源，可用于种植各类草药或特殊植物。收集种子的方法主要分为自然采集与人工培育两种。自然采集需探索特定环境，如闪耀根常见于无草覆盖的泥土或泥块上，而太阳花多生长于地表草地。使用武器或工具破坏成熟植物即可获得种子，部分植物如月光草需在开花时采集。人工培育则需使用粘土盆或种植盆，将种子放置于符合其生长条件的方块上，等待生长周期完成。
种植系统需要玩家掌握不同植物的生长条件。水迹花需种植在沙块上并浸没于水中，而火焰花则要求熔岩环境。粘土盆作为通用容器，可种植大多数草药种子，但部分植物对基底材料有特殊要求。生长周期方面，闪耀根开花时间随机，月光草仅在夜晚开花，太阳花则需白天采集。玩家需根据植物特性安排采集时间，未开花时破坏植物仅能获得基础材料而非种子。
种子管理需要合理规划背包空间与储存方式。采集到的种子可存放于宝箱或收纳物品中，按类别分类能提升后期合成效率。对于需要批量种植的情况，建议提前准备足够数量的种植盆并集中摆放，形成高效农场布局。部分高阶种子如黑曜石种子需通过合成获取，这类种子通常对应特殊用途，建议单独存放。
后期可通过自动化装置提升种子收集效率。利用机关如计时器与执行器，能实现定时收割与补种。对于需要特定环境的大型种植场，建议预先规划区域划分，将水火等不同属性的植物分区栽培。战斗类植物如食人花需特别注意安全距离，其种子获取往往伴随一定风险，建议配备相应防护装备后再进行采集。种子应用不仅限于基础种植，还涉及药水合成与环境改造。通过将种子与瓶装水等材料结合，可制作各类功能药水。部分种子如丛林孢子能用于召唤特殊事件，这类种子需通过击败特定敌怪获取。
