荒海井底的机关解密主要涉及雷元素方碑和雷立方的操作。首先需要点亮荒海深井附近的四个雷元素柱解开第一层封印，随后用留念镜扫描井下的小狐狸石像解锁机关，与墙上的三个机关互动后即可打开深井的第二层封印进入地下区域。这一步骤是进入荒海海底世界的关键前提，必须确保雷元素柱全部点亮且封印完全解除。
进入井底后，玩家会面临多个雷立方机关的解密。第一个机关位于井底左侧，初始状态下需要攻击右上角的雷立方两下，再攻击左下角的雷立方两下，最后再次攻击右上角的雷立方即可完成解密。解密成功后水位会首次下降，可以跳入出现的洞口继续深入。需若体力不足可在墙壁上稍作休息恢复体力。
继续前进会来到第二个雷立方机关处，该机关位于楼梯上方。初始状态下只需攻击中间的雷立方两次，使所有机关朝向同一面即可完成解密。水位会再次下降，露出通往更深处的通道。部分玩家可能会忽略该机关与水位变化的关联性，建议仔细观察环境变化以确保解密效果触发。
最终阶段的解密涉及五个石碑机关，需要按照特定顺序激活。面对石碑时，先将右上角的石碑击打两下，再将左下角的石碑击打两下，这样即可激活整个石碑阵法并出现宝箱奖励。部分石碑可能被水体覆盖，需确保水位完全下降后再进行操作。
