组织争霸赛是考验团队协作与战术部署的核心玩法，其核心机制围绕本服与跨服的多轮淘汰赛展开。参与条件要求组织等级达到3级且上周累计组织密令达到90个，战力排名前16的组织方可获得本服参赛资格。比赛采用分组淘汰制，16个组织分为4组进行小组赛，胜者晋级决赛，本服冠亚军将代表服务器参加跨服争霸赛。对战阶段需在5分钟准备时间内完成出战配置，由首领调整成员出战顺序，战斗采用4场同步进行的1V1实时对抗模式，胜负取决于剩余存活人数或总战斗力。未参赛玩家可选择支持其他组织，若支持对象夺冠可获得金币奖励。
比赛流程分为准备期与战斗期两个关键阶段。准备期内首领需根据成员战力与操作水平进行排序，前5个位置的部署尤为重要，通常采用高战压制或低战消耗等战术。战斗开始后，每名玩家初始拥有2次胜利机会，可通过金币购买额外次数提升团队容错率。通灵兽在连续战斗中不会重置状态，因此合理保留通灵技能成为逆转战局的关键。跨服赛阶段沿用相同规则，但对手来自不同服务器，需提前通过侦查了解敌方常用忍者阵容与战斗风格。
奖励体系包含阶段性成就与最终排名两部分。本服赛事中，八强组织可获得高招券等基础奖励，而冠军组织全员将解锁限定称号争霸の王者及三代火影碎片。跨服赛奖励更为丰厚，除高招券数量提升外，还会发放忍具锻造石等稀有资源。需注意支持功能仅在赛前开放，且更换组织会导致参赛资格失效。叛忍护额等道具可通过日常组织活动积累，用于提升暗部头衔等级以增强争霸赛属性加成。
首先是战力梯度分配，将中坚力量置于6-10号位可有效应对敌方主力；其次是通灵兽的节奏控制，面对高战对手时应拖延时间消耗其通灵技能；最后是情报收集，通过观察敌方历史战绩预判其常用忍者组合。首领需在赛前统一战术目标，明确集火顺序与替补策略。尽管个人操作水平影响单场胜负，但最终胜负仍取决于团队出勤率与战术执行力，因此稳定活跃的成员构成是长期保持竞争力的基础。
